毛利偵探事務所突然接到一通威脅電話。之后，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了！“藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……”根據犯人寄來的挑戰書，若不能解讀謎之暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。另一方面，此時的江戶川柯南與灰原和少年偵探團一起，沉浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中。正當比賽漸入佳境之時，從蘭打來的電話那里，柯南得知了威脅電話的事情。柯南為了解讀暗號獨自一人離開賽場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實……