故事講述了主人公匡平離開了自己的故鄉(xiāng)來到東京開始了，過著平凡的大學(xué)生活。有一天夜里打算跟同班同學(xué)的日日乃告白，兩人卻意外目擊到了被斬殺的尸體。匡平有個妹妹叫詩緒，她有著“只”的資格可以操控被侍奉為“神的空殼”的神秘人偶“案山子”。她轉(zhuǎn)達(dá)了他關(guān)于他兒時玩伴阿幾逃出村子的消息。其實(shí)同樣是“只”的阿幾曾在村中引起過悲劇。后來他們遭到了阿幾的襲擊……諸神的戰(zhàn)斗即將展開……